L’ensemble du site, revu par l’ingénieur pour en assurer une meilleure défense, est constitué de 3 entités se couvrant réciproquement.
L’enceinte urbaine avec ses tours médiévales est renforcée sur les points faibles et entièrement couronnée d’une toiture de lauzes épaisses pour se protéger des tirs ennemis. Le front d’aval est renforcé par une grotte casematée, la Cova Bastera, reliée au village par un escalier souterrain. Enfin, en 1681, sur le seul point haut que l’attaquant pouvait occuper avec des canons, Vauban construit un fort, le fort Libéria, conçu pour abriter une garnison de 96 soldats.
À la fois par la qualité des matériaux utilisés et par l’adaptation au bâti existant et à la géographie du site, la cité de Villefranche-de-Conflent constitue un véritable chef-d’œuvre de la fortification, aujourd’hui conservé avec une remarquable authenticité.